Vous trouverez sur cet espace tous les documents relatifs aux procédures éthiques, aux formations et journal clubs passés, ainsi que les manuels d’utilisation rédigés par les membres de la CNF concernant certains logiciels d’analyse. Ceux-si sont classés par technique d’imagerie (IRMf, EEG, TMS).
Les documents précédés par la mention [Interne] renvoient à un espace protégé de l’intranet. Vous devrez donc vous connecter au préalable pour pouvoir les consulter. Ils sont disponibles sur cette page.
Procédures éthiques
Comité de Protection des Personnes
- [Interne] Guide pour réaliser un CPP (promoteur : CHUGA)
Liens utiles
Documents CNF
Réunions / Journal club
- [Interne] Journal club autour de How to use fMRI functional localizers to improve EEG/MEG source estimation, par Benoît Cottereau paru en 2015 dans Journal of Neuroscience Methods.
- [Interne] Journal club autour de Mechanisms and Effects of Transcranial Direct Current Stimulation", par James Giordano paru en 2017 dans Dose Response.
- [Interne] Journal club autour de Post-stimulus fMRI and EEG responses : Evidence for a neuronal origin hypothesised to be inhibitory, par Mullinger et al., paru en 2017 dans NeuroImage (S. Harquel, 03/18).
- [Interne] Rythmes cérébraux (S. Harquel)
- [Interne] Connectivité en IRM (C. Pichat)
- [Interne] Analyse de puissance en IRMf (E. Cousin)
- [Interne] Présentation de la tES (S. Harquel/ L. Torlay)
- [Interne] Analyse de conjonction en IRMf (E. Cousin/ E. Hoyau)
- [Interne] Apprentissage statistique (L. Torlay)
- [Interne] Couplage TMS-EEG : techniques et applications (S. Harquel)
Formations
- [Interne] SPM débutant (22-25/10/18)
Traitement des données d’IRM
Prétraitements et traitement statistique des données d’IRMf avec SPM12
- [Interne] Manuel interne pour le traitement des données avec SPM12
- [Interne] Manuel de vérification de la qualité des données et des prétraitement (utilisation de la boite à outil art) [A venir]
Liens utiles
- Site du package SPM
- Manuel officiel de SPM
- Best Practices in Data Analysis in Neuroimaging using MRI
Analyse de données de Resting State / Connectivité fonctionnelle
- [Interne] Manuel interne pour l’utilisation de la boite à outil « Conn »
Liens utiles
- Site de la boite à outil « Conn »
- Forum de la boite à outil « Conn »
- FAQ sur le site de A. Nieto-Castanon (créateur de la boite à outil)
- Articles utilisant « Conn » sur le site de A. Nieto-Castanon
Analyse de connectivité effective
- [Interne] Manuel interne pour l’utilisation de l’outil Dynamic Causal Modelling sur spm12
Analyse de connectivité anatomique
- [Interne] Manuel interne pour le traitement des données de DTI avec FSL
Analyse Structurelle
Boite à outil pour l’analyse en ROI
Calcul de la valeur des bêtas moyens (bêta bruts ou pourcentage de changement de signal) pour une région d’intérêt (cluster de SPM, sphère ou mask nifti quelconque)
- [Interne] “ROI_analysis_LPNC_v4”
Boites à outil sous SPM publiques
- “WFU_PickAtlas” (création de ROIs, conversion de coordonnées, correspondance coordonnées-label)
- “Marsbar” (création de ROIs, analyse plus spécifique sur les ROIs)
- “xjView” ou “xjViewBrowser” (visualisation et description des analyses statistiques de SPM)
- “Aal” (caractérisation des activations sous SPM avec le label aal)
- “Art” (détection d’artefact, caractérisation des mouvements du sujet)
Logiciels gratuits de visualisation et d’opération sur les fichiers d’IRM anatomique
- MRICron (visualisation des volumes anatomiques et fonctionnelles, visualisation 2D des activations)
- MRIcroGL (visualisation 2D/3D des activations)
- ImageJ (création de vidéos anatomiques par exemple)
- Mango (utile pour effectuer des transformations sur les images Nifti)
Traitement des données d’EEG / MEG
Logiciels d’analyse
- Fieldtrip (boîte à outils Matlab, scripts uniquement)
- Brainstorm (boîte à outils Matlab, interface graphique, scripts)
- EEGlab (boîte à outils Matlab, interface graphique, scripts)
- SPM (boîte à outils Matlab, interface graphique, scripts)
Liens utiles